Bei der Realisierung der genannten Ziele ist HI auf die Zusammenarbeit mit unterschiedlichsten Partnern angewiesen. Dazu gehören natürlich an erster Stelle die Hamburger Hochschulen als Gesellschafter und erste Wissens- und Technologiequelle. Des Weiteren zählen dazu andere Technologie-Kooperationspartner, d.h. Forschungseinrichtungen aber auch Unternehmen, die Entwicklungen als Dienstleistungen anbieten. Neben diesen Technologiepartnern pflegt HI die Zusammenarbeit mit Einrichtungen, die Beratungs- und Unterstützungsleistungen im Management von Innovationen anbieten. Dazu gehören öffentliche Gesellschaften – wie die Innovationsstiftung Hamburg, norgenta Branchen- bzw Standortvereinigungen – wie bay to bio, Hansephotonik, UpTech Network oder Hanse Aerospace e.V. private Unternehmen aus Wirtschaft und aus dem Finanzierungs- und Bankenbereich Kammern und Wirtschaftsverbände.